
Крупных озер в пустыне мало. Они образуются лишь там, где реки с большим стоком выносят свои воды в глубокие котловины. Таковы Аральское море, пополняемое Амударьей и Сырдарьей, и оз. Балхаш, принимающее реки Или, Каратал, Аксу, Лепсы и др. Вода в озерах минерализованная из-за большого испарения. (В западной части Балхаша вода пресная, в восточной — соленая.) Уменьшение речного стока в Арал повысило соленость его вод с 1960 по 1982 г. вдвое (до 22%0) и понизило его уровень на 9,5 м.
В пределах Казахстана есть ряд небольших озер. Они распространены по долинам рек, главным образом в низовьях, в местах рассеивания речного стока, и по большей части вода в них минерализована. В Каракумах и Кызылкуме озер очень мало. Из относительно крупных выделяется Сарыкамыш. Оно заполняется сбросными слабоминерализованными водами из Хорезмского оазиса и потому заселяется.
В связи с работами по дренированию орошаемых земель и отводу отработанных вод за пределы оазисов в пустынях Средней Азии появились мелкие водоёмы, наполненные солоноватой водой, минерализация которой с каждым годом повышается. Это способствует засолению почвогрунтов и образованию мелких солончаков. Удаление засоленных вод из орошаемой зоны будет продолжаться. Это требует безотлагательно начать работы по опреснению сточных вод и их утилизации.
В целом же озера, особенно мелкие, используются в хозяйстве мало: там, где водится рыба, занимаются промысловым и любительским рыболовством; строят дома и базы отдыха.